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版本发布说明
版本 2025.0（2024 年 9 月 17 日）
补丁版本：2025.0.1
特征：
- BLAST 序列搜索增强功能：
- 使用所选序列预填 NCBI BLAST 网站表单以直接在 NCBI 网站上运行 BLAST 的新选项
- 添加了选项卡，用于对您自己的数据库运行自定义 BLAST 或直接在 Geneious Prime 中对 NCBI 服务器运行 BLAST
- 更新了 NCBI BLAST 选项中的消息，以指示大型查询可能出现的速率限制，并推荐替代 BLAST 方法
- Geneious Cloud 增强功能：
- 显著的性能增强，包括在导入、保存和删除文件时，尤其是在处理以前查看的文件时
- 现在，您可以更轻松地查看哪些文件夹与整个组织共享
- 添加了用于指定缓存大小的选项
- 生成和查看 NGS 序列的 QC 报告：
- 使用 Babraham Bioinformatics 的 FastQC 工具计算包含质量数据的序列列表的报告
- 在序列列表文档上提供的新查看器选项卡中创建和查看 QC 报告
- 在修剪或编辑序列数据时轻松重新运行分析
- 将 QC 报告导出为 html 文件以供记录
- 通过 Workflows 为多个文档批量创建 QC 报告
- 与 Dotmatics Luma 无缝集成：
- 通过文件夹面板中的新服务从 Geneious Prime 登录到 Luma
- 从 Geneious Prime 中搜索 Luma，从 Geneious Biologics 下载您的序列选择，用作克隆插入片段
- 将您的克隆反应详细信息（包括骨架、部分和预测翻译）提交给 Luma，用于注册和实验室工作流程
次要功能和可用性改进：
- 分析 CRISPR 编辑结果：显示变异分析百分比计算中包含的读取数
- 克隆增强功能：
- 克隆部件的注释现在是“片段”类型，而不是“串联序列”
- “片段”注释包括可单击的链接，用于跳转到大多数克隆类型的输入序列
- 限制性实验和 Golden Gate 克隆操作现在在检查内部切割时考虑甲基化切割位点
- 在进行 Gibson / Homology 或 InFusion 克隆时，使用合成序列而不是设计引物来生成具有重叠插入片段的新选项
- 克隆验证：改进了自动映射功能，可将读数分配给参考序列
- 序列视图：
- 当显示圆形概览时，主序列视图现在默认使用线性环绕视图
- 现在，当新注释添加到以前未注释的序列时，翻译帧会自动设置为使用“注释或选择”
- 从独立序列中提取的注释包括一个可单击的链接，该链接可返回到从中提取序列的序列和区域
修复和细微更改：
- 命令行界面：
- 修复了将 --log-level 设置为 INFO 会导致 Geneious Prime 崩溃的 bug
- 现在，当有多个连接到同一个共享数据库时，应该发出警告
- 改进了使用 Geneious 中的文档作为输入或输出时的匹配和错误消息
- Geneious Cloud：
- 修复了尝试上传名称为空或名称包含反斜杠的文档时出现的上传错误
- 修复了文件夹内容无法显示部分结果的错误
- 修复了保存文档时发生的罕见冻结
- 修复了如果在加载引物时删除文件夹，则会导致弹出许多对话框的错误
- 修复了在登录后立即注销云时的崩溃
- 在不同位置将 “Cloud Database” 重命名为 “Cloud Workspace”
- 修复了删除文档时有时出现的问题
- 修复了使用 Geneious Cloud 的 Geneious Biologics 客户无法记住登录详细信息的错误
- 修复了在登录到云时更改数据目录时的错误
- Geneious Server Database：删除了用户帐户具有服务器登录名的可选要求
- 导入：
- 修复了导入具有大量 SHEET 元素的 pdb 文档时的错误
- 修复了有时导致大型 Excel 文件导入失败的问题
- 以 GenBank 平面格式导入序列时，将 LOCUS 字段中的日期设置为 Geneious Prime 中文档的修改日期
- 修复了 BLAST XML 导入的错误，其中在以查询为中心的比对中使用 NCBI 查询 ID 而不是序列名称
- 现在，在以 BLAST XML 格式导入 BLAST 结果时，将 NCBI 查询 ID 作为单独的元数据字段导入
- 授权：
- 改进了使用过期订阅运行 Geneious Prime 时的消息收发
- 修复了多次单击“激活”时许可证激活对话框会多次弹出的错误
- 修复了在使用便携式网络适配器时使用电子邮件登录激活时导致 Geneious 被取消注册的偶尔问题
- 序列视图：
- 修复了循环序列的注释可能在线性视图中的序列之外显示的错误
- 修复了鼠标滚轮缩放有时不缩放到所选区域的问题
- 修复了环状序列或引物上有突出端序列的色谱图显示错误
- 修复了移动循环序列原点后的错误选择
- 共享数据库：
- 默认切换 MySQL 连接以使用 MariaDB 提供的驱动程序
- 修复了一个错误，该错误会导致通过 geneious.properties 配置的 MySQL 连接需要自定义驱动程序
- 修复了在创建工作流和编辑 BLAST 选项时发生的崩溃
- 修复了 SPAdes 首次运行失败并需要再次单击 OK 才能运行的罕见错误
- 修复了从 Geneious Prime Dev 套件运行任何 ant 命令时出现的“plugin-env.xml file missing”错误
- 修复了阻止某些用户在 MacOS 上向 GenBank 提交序列的错误
- 修复了 Cloning Validation 工具中序列的显示问题
- 修复了加载 Mauve 选项时挂起的问题
- 修复了从列表中提取序列时发生的偶然性崩溃
- 修复了使用可编辑字段时罕见的崩溃
- 修复了在循环序列上运行时克隆可能失败的错误，该错误包含间隔超出序列长度的注释
- 修复了打印大型文档时页码不正确的错误
- 更改了文件夹面板中用于本地数据库的文件夹树图标
- 修复了具有自由端间隙的全局对齐有时会产生非最佳对齐的问题
- 修复了在序列边界之外找到点击位置的错误
- 更新了对话框中报告传播世系失败的消息
- 修复了在具有大量深度嵌套节点的系统发育树上选择 Alignment View 时有时出现的问题
- 修复了向某些对齐添加注释有时可能失败的错误
- 修复了当数据库包含具有许多嵌套子文件夹的文件夹时可能发生的启动时的偶然崩溃
其他说明：
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新为 11.0.24（适用于 Mac）和 21.0.4（适用于 Windows 和 Linux）
- 将 BLAST+ 工具的下载 URL 更新为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov
- 不再支持 Linux 上的旧版 Flexnet 许可证
- 停止对 DualBrothers 插件的支持
- 将 SPAdes 更新到 v4.0.0
补丁 2025.0.1（2024 年 10 月 22 日）
次要功能和可用性改进：
- Geneious Cloud：为启用了 API 密钥的组织中的管理员用户添加了 API 密钥管理
- 支持 QC 报告的打印和保存为 PDF
修复和细微更改：
- Genbank 导入：修复了在 GenBank 文件中跨 3 行或更多行的特征值中插入额外空格的错误
- Geneious Cloud：修复了在导入并使用特别大的文档时偶尔出现的失败问题
- 本地文档：修复了在无法将云文档复制到本地文档后有时发生的崩溃
- 在注销后使用电子邮件登录重新登录变得更加容易
- 修复了 Primer Design 中 Design for Sequencing 偶尔会失败的错误
- 改进 NCBI 搜索因数据库不可用错误而失败时的消息传递
- 修复了在 macOS 上查看序列时可能发生的罕见崩溃
- 修复了尝试通过工作流运行 BLAST 时发生的 beta 版崩溃问题
- 改进了深色模式下 QC 报告的外观
- 修复了 Beta 版中的一个错误，即 QC 报告中的文件名在 macOS 上可能显示得非常小
- 修复了 beta 版中的一个错误，即如果 geneious.properties 文件中的 enable-ncbi-webservices 或 enable-ncbi-blast 值设置为 false，则不会显示 BLAST 选项
- 为安装 Geneious Prime 时可能出现的问题添加了更好的错误消息
其他说明：
- 更新了样品文档，以包含具有质量的序列列表的 QC 报告
- 更新了 Geneious 插件开发工具包运行配置，以在适用于 Windows 和 Linux 的 Java 21 下运行时与 Geneious 匹配
- 更新了应用程序图标和 Geneious Prime 徽标
版本 2024.0（2023 年 12 月 5 日）
补丁版本：2024.0.1 2024.0.2 2024.0.3 2024.0.4 2024.0.5 2024.0.7
特征：
- 克隆验证：用于添加、导出和记录验证元数据的可视化和半自动验证工具
- 参考地图：交互式测验，提供指导并帮助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 云数据库：现在，当通过SSL设置时，可以正确使用自定义SSL证书。高级首选项中的 CustomTrustedCertificates
- De Novo Assembly：在交互式测验中添加了对替代汇编程序的建议
修复和小改动：
- 反向翻译：修复了在某些大型序列列表上不产生结果的错误
- 批量重命名：修复了创建高级批量重命名时罕见的挂起问题
- CRISPR：修复了安装和调用 Doench 2016 的过程
- 更改传播：修复了手动编辑可能导致更改错误传播的 bug
- 云数据库：
- 修复了创建多个文件夹时罕见的崩溃问题
- 修复了显示批量重命名选项时偶尔挂起的问题
- 改进了注销后登录所需的时间
- 修复了登录错误消息有时无法完全显示的问题
- 修复了提前关闭登录对话框时崩溃的问题
- 自定义 BLAST：修复了有时用户无法安装 NCBI 自定义数据库的 bug
- DeSeq2：修复了未正确比较多个间隔的注释的罕见崩溃问题
- 常规：修复了 Geneious Prime 关闭时罕见的崩溃问题
- 导入：修复了导入 excel 文件时出现的罕见问题
- 映射到参考：修复了罕见的崩溃问题
- 搜索：修复了一个罕见的错误，即在删除插件时搜索菜单可能会崩溃
- 共享数据库：
- 修复了导致 Geneious 在任何网络问题后冻结的错误
- 修复了一个罕见的错误，即 Prime 在连接到共享数据库时不会关闭
- 提高文档索引的效率
- 修剪端：修复了从工作流程中修剪时修剪序列上不正确的轨道注释
其他说明：
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新到了 11.0.20.1+1
补丁 2024.0.1（2024 年 1 月 30 日）
修复和小改动：
- 退火寡核苷酸：更新了工作流程，以正确显示位于同一条链上的突出端
- 注释生成器：修复了在注释预测期间更改设置会产生错误结果的问题
- 爆炸：
- 修复了本地 blast 数据库在移动其包含文件夹时可能损坏的问题
- 导出为 BLAST 文本格式时按原始查询序列对命中进行分组
- 克隆验证：修复了跳转到开始和结束按钮有时不显示的错误
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- 导入：修复了 GFF 序列名称中的某些字符导致导入时崩溃的 bug
- 世系：修复了在某些情况下手动编辑序列时引入错误数据的罕见错误
- 映射到引用：修复了一个错误，即具有许多歧义的引用未从 BBMap 的结果中链接
- 引：
- 修复了在运行“使用保存的引物测试”时无法正确检测到别名文档的 bug
- 修复了复制翻译引物可能失败的 bug
- SAM/BAM 导入程序：修复了将硬修整读取导入错误位置的 bug
- 序列视图：修复了在保存更改后有时更改所选注释的问题
- UniProt：固定数据库搜索
补丁 2024.0.2（2024 年 2 月 15 日）
修复和小改动：
- 导入：修复了 excel 导入器无法导入包含非拉丁字符的文件的 bug
- 参考映射：修复了在参考序列末尾相对于结构变体的插入时出现碰撞或不正确对齐的问题
补丁 2024.0.3（2024 年 3 月 6 日）
修复和小改动：
- 克隆：防止在同源克隆期间使用截断的“Gibson引物扩展”
- 云：修复了将元数据从 CSV 导入云工作区时的 bug
- 序列视图：修复了从某些对齐中提取序列或共识时崩溃的问题
其他说明：
补丁 2024.0.4（2024 年 3 月 26 日）
修复和小改动：
- 授权：
- 修复了“组”显示为团队订阅名称的 bug
- 修复了激活订阅时可能发生的罕见崩溃问题
- 共享数据库：已更新，允许在通过 geneious.properties 使用 Microsoft SQL Server 时使用 Windows 身份验证
补丁 2024.0.5（2024 年 4 月 16 日）
其他说明：
补丁 2024.0.7（2024 年 7 月 16 日）
次要功能和可用性改进：
- 更新了 NCBI BLAST 提交时间，以更好地符合速率限制要求
其他说明：
- Geneious Cloud：修复了文档偶尔会因引用不可用文档而无法导入云的错误
- 现在，在启动时检测对存储位置的访问是否太慢，并建议选择其他位置
- 修复了激活基于用户的许可证时有时发生的挂起问题
版本2023.2 (2023年6月13日)
补丁版本：2023.2.1
特征：
- De Novo Assembly(从头组装)：交互式测验，提供指导并协助决定尝试哪种算法
次要功能和可用性改进：
- 长度图：添加了导出包含序列长度数据的 csv 文件的功能
- STAR：允许使用序列表作为参考
修复和小改动：
- 查找CRISPR位点：修复了某些序列列表在选择了“配对位点”选项的情况下发生的罕见崩溃
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 元数据：修复了修改文档元数据类型时罕见的崩溃
补丁 2023.2.1（2023年7月25日）
次要功能和可用性改进：
- De Novo Assembly（从头组装）：启用交互式测验以自动下载安装插件
修复和小改动：
- 克隆验证：修复了导致崩溃和 UI 问题的罕见错误
- 从工作流克隆：修复了一个错误，即尽管之前有任何排序步骤，它都会将最长序列设置为第一个插入
- 云数据库：修复导入 BLAST 结果文件夹失败的问题
- 导入：修复了导入大型 zip 文件时不显示进度的错误
版本2023.1 (2023年2月21日)
补丁版本：2023.1.1 2023.1.2
特点:
- Geneious云数据库(测试版):增加了一个新的云数据库，提供10GB的免费、安全的个人数据存储
- 导入:增加了导入DNAStar Lasergene SeqBuilder(Pro) sbd文件格式的功能。
- Dotmatics平台集成插件:增加了一个插件，增加了在Bioregister中注册序列的能力。
修复和小改动:
- 注释:修正了一个错误，一些注释的属性被错误地反向补充
- 爆炸:当百分比接近但不完全是100%或0%时，百分比将不再显示舍入值
- 克隆验证:修正了一个罕见的拖放错误
- 文档信息:当文档有许多元数据部分时，提高了保存性能
- 常规:
- 将geneious使用的Log4j版本从2.17.1增加到2.19.0
- 修正了在弹出窗口中打开序列视图有时不工作的问题
- PDB进口商:更好地处理RoseTTAFold创建的PDB文件
- 插件:修复了Microsatellite插件中罕见的崩溃
- Primer Design:修复了当选择了一个区域时，在新安装中不选择包含区域选项的问题
- 蛋白质结构比对:修复了比对PDB文档时对多个模型的过度检查
- 工作流程:修正了导出为TSV的文档包含未选择字段的错误
补丁 2023.1.1 （2023年4月4日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了使用具有间隙和质量的序列作为输入时崩溃的问题
- 克隆验证：修复了一个罕见的错误，即使用过滤器可能会导致崩溃
- 云：修复了注销云工作区时的一些崩溃问题
- 重叠群视图：修复了对大型重叠群进行排序时偶尔崩溃的问题
- DESeq2：新版本的Bioconductor现在在Linux上得到认可和支持
- 导入：DNAStar Lasergene SeqBuilder（Pro） .sbd 格式的引物现已被识别
- Java：将捆绑的 JRE 版本更新为 11.0.18+10
- NCBI结构数据库和PDB导入：修复了如果Beta表处于索引>= 1000的位置，加载PDB文档崩溃的错误
补丁 2023.1.2 （2023年4月27日）
修复和小改动：
- 通用云数据库（测试版）：修复文件夹内容未正确下载的情况
- 常规：修复了更新 Geneious 后 MacOS 上偶尔崩溃的问题
- SSL：修复了 Geneious Prime 无法访问 Windows 上受信任证书的错误
版本 2023.0（2022年11月2日）
补丁版本： 2023.0.1 2023.0.2 2023.0.3 2023.0.4
特征：
- CRISPR：添加了更多PAM来查找CRISPR位点
- 克隆验证：添加了在批量质粒验证期间自动进行序列比对的新工具
- 引物设计：增加了用于引物特异性测试的新工具
- STAR：添加了STAR，这是一种RNA-seq图谱仪，可执行高精度的剪接序列比对
- 工作流程：添加了用于将多个序列批量导出为单个图像的新工作流程
次要功能和可用性改进：
- CRISPR：能够选择单个脱靶序列
- 命令行界面：现在支持使用数据库文件夹作为输入
- Geneious Academy：在“帮助”菜单中添加了新Geneious Academy的快捷方式
- 常规：在网络数据库上加载所选文档的进度报告不再阻止用户活动
- 预处理：BBDuk不再需要单独的插件即可使用
- 用户界面：下拉列表现在支持过滤，并更清楚地显示何时可以输入自定义值
修复和小改动：
- 附注：
- 修复了导出带有“配对入门”列的注释表时崩溃的问题
- 修复了在批注表中按删除有时不会删除所选批注的问题
- 领结 2：更新至 Bowtie2 2.4.5
- CRISPR：为分析CRISPR编辑结果添加了最大间隙大小选项
- 命令行界面：修复了在本地数据库中找不到文档的错误
- 深色模式：使序列查看器选定的数字颜色变亮
- 从头程序集：修复了当最大不匹配设置设置为 0 时有时会产生包含不匹配的结果的问题
- 从头程序集和映射到引用：现在会立即失败，而不是有时在内存不足后继续
- 常规：
- 使用垫片时重新格式化的串联文件名
- 如果提供的名称无效，创建或重命名文件夹将要求使用其他名称
- 添加了”文件”菜单另存为 PDF...选项
- 修复了批量重命名非常大的序列列表时崩溃的问题
- 改进了文档保存性能，尤其是在网络数据库上
- 修复了在启动期间收集系统信息时罕见的崩溃
- 组序列：修复了将蛋白质序列与配对核苷酸序列分组在一起时崩溃的问题
- MAFFT：将 MAFFT 更新到版本 7.490
- 肌肉：将肌肉算法更新到版本 5.1
- 内存：处理某些大型数据集时减少了内存使用量
- SPAs：将 SPA 更新到版本 3.15.5
- 样本文件：添加了SARS-CoV-2基因组
- 序列视图：添加了在放大蛋白质序列视图时关闭三个字母氨基酸的选项
- 共享数据库：将默认 mysql 连接器更新为 8.0.28
- 共享数据库：修复了由于文档损坏而无法继续为共享数据库中的文档编制索引的 bug
- 启动：添加进度条以显示启动 Geneious 的进度
其他注意事项：
- 16S生物多样性：删除了16S生物多样性工具
- 插件开发工具包：修复了 DocumentUtilities.getDocumentsByURN()与其 javadoc 不匹配的返回行为
- 公共 API：添加了用于向下拉列表中的项目添加图章的 API
- TopHat：移除了TopHat RNAseq映射器
2023.0.1 补丁（2022年11月30日）
修复和小改动：
- CRISPR：修复了Doench2016算法对最近安装它的用户不起作用的错误
- 克隆验证：现在支持选择不相邻的名称部分以进行自动分组和映射
- 文档表：修复了名称列有时无法垂直滚动以匹配其他列
- NCBI：修复了结构数据库搜索失败的问题
- STAR：
补丁 2023.0.2（2023 年1月10日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了存在间隙时使用翻译 BLAST 放置不正确的注释
- 映射到引用：修复了一个错误，该错误会导致“映射到引用”在加载选项时有时会冻结
- 共享数据库：修复了某些用户无法保存文件的问题
补丁 2023.0.3（ 2023 年1月18日）
修复和小改动：
- BLAST：修复了 2023.0.2 中引入的崩溃问题，当图形查询需要插入间隙时
- 引物设计：
- 修复了检查具有太多相似区域的异地时崩溃的问题
- 防止选项具有负值以避免崩溃
补丁 2023.0.4（ 2023 年1月26日）
修复和小改动：
- 修复了将文档移动到新数据库时无法正确保存新元数据类型的 bug。
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