SnapGene 7.2.0
2024年3月19日
SnapGene 7.2 提供了引物同型二聚体结构的新可视化和文件管理的增强功能，允许使用拖放在多个窗口中组织选项卡，并改进了与项目中文件的交互。
计算引物同型二聚体结构
通过以下方式检查引物的自二聚化查看同型二聚体结构使用 deltaG 值，通过"引物"视图中的"显示结构"按钮。
可拖动的文件选项卡
通过将文件选项卡拖入和拖出窗口来轻松对序列进行分组创建多个选项卡式窗口.
与文件交互的 UX 增强功能
更顺畅地导入选项卡、文件和文件夹并与之交互，以解决常见问题，包括增强当前选项卡和文件名的可见性、改进色谱图的默认视图设置、将导入拖放到文件夹中等。
新的共同特征和琼脂糖凝胶分子量标准
现在，可以从其他几家供应商处选择凝胶分子量标准，并且标准特征数据库中添加了更多特征，以便在您的序列中进行检测。
功能和增强功能
- 引物同型二聚体
- 使用Vienna RNA包中的RNAcofold工具计算引物同型二聚体结构
- 可视化按序列或置信度着色的引物同型二聚体
- 选项卡式文件窗口增强功能
- 启用将文件选项卡拖入和拖出窗口
- 添加了具有多个包含文件选项卡的窗口的功能
- 选项卡式文件窗口现在可以在没有“项目”面板的情况下存在
- 将当前文件名添加到顶部工具栏
- 改进了所选选项卡的可见性
- 项目界面中数据管理的增强功能
- 启用将文件直接导入子文件夹
- 添加了一个放置指示器，表示可以通过拖放将文件导入到项目中
- 在文件面板操作菜单中添加了“展开/折叠所有文件夹”命令
- 在文件面板中右键单击单个文件时显示的上下文菜单中添加了“打开文件”命令。
- 允许通过双击在项目中打开 PDF
- 色谱图描线文件视图设置的增强功能
- 调整了默认高度，以便峰值不会在选项卡式窗口内拉伸
- 将鼠标悬停在质量数据上时显示峰值信息
- 将鼠标悬停在跟踪文件序列上时显示基本突出显示
- 根据 Takara Bio 的更新建议，更新了融合克隆的默认值，以便在有多个片段时使用 20 bp 片段
- 添加了用于琼脂糖凝胶模拟的 BioGate 分子量标准（100 bp、100 bp Plus 和 1 KB）
- 添加了用于琼脂糖凝胶模拟的 GeneAll GENESTA 分子量标准（100 bp、250 bp 和 1 kb）
- 添加了用于琼脂糖凝胶模拟的 Hylabs 分子量标准（50 bp、100 bp 和 1 KB+）
- 标准通用功能数据库的更新
- 添加了 Anderson Constitutive 启动子集
- 添加了替代 Bxb1 整合酶和相关位点
- 添加了 mCyRFP、mScarlet3、StayGold 和 mStayGold 荧光蛋白功能
- 更新的 Csy4 和人 U6 启动子序列
- 将 ssDNA 文件添加到示例项目中
其他更改和修复
- 在对参考 DNA 序列或比对序列进行编辑时，避免重新计算与参考 DNA 序列的比对，从而提高了性能
- 添加了进度对话框，并允许取消与参考 DNA 序列的比对
- 如果导入 FASTQ 测序读长时质量格式不明确，则允许用户指定质量格式
- 在二级结构视图中添加了侧工具栏
- 改进了使用深色模式时“编辑 DNA 端”对话框的外观
- 删除了复制查看蛋白质比对时错误显示的底部链碱基的选项
- 通过右键单击文件夹面板中的文件名来打开非本机文件
- 扩展了“选择酶”对话框中的单击区域，以便可以通过单击单选按钮右侧的标签来选择选项
- 改进了行为，以避免在启用“默认情况下在单独的窗口中打开文件”首选项时不必要地显示主项目窗口
- 文件搜索字段中的翻译示例
- 修复了一个错误，即根据“在单独的窗口中打开文件设置”，在不一致的默认位置（项目文件夹或集合）中使用了汇编重叠群
- 修复了取消检测集合中多个文件的常见功能时发生的崩溃问题
- 修复了在“项目”面板中运行文件搜索时可能发生的崩溃问题
- 修复了搜索跨源的区域时可能发生的崩溃问题
- 修复了一个错误，该错误导致在集合中运行批量编辑后无法复活祖先
- 修复了阻止使用跨越数字原点的站点模拟网关克隆的错误
- 修复了酶数据库以显示包含<符号的缓冲液值
- 修复了多个序列对齐侧面板中标签的对齐问题
- 已修剪到电子邮件地址字段开头或结尾的空白
- 启用“新建文件”窗格，以便在使用较小屏幕时在 Windows 上显示
- 使用重叠的引物模拟PCR时，确保扩增区域内的特征转移到产品中，并包括内部插入或替换。
- 修复了 Windows 上的一个问题，即扩增的片段在扩增片段列表中消失，具体取决于选择的片段。
- 如果在“首选项”中选中了关联的选项，请确保在 Finder 或 Windows 资源管理器中双击的文件全屏打开
- 选择保存导入文件的位置时默认为打开的项目
- 减少了文件选项卡所需的最小宽度，并改进了它们在存在大量选项卡或空间有限时的外观
- 如果打开色谱图，请确保打印色谱图质量
- 改进了打开文件时的稳定性
- 更正了使用“显示 RNA 计算”时的尿嘧啶计数
- 添加了进度指示器，并允许在需要很长时间时取消与参照的对齐
- 从“导入引物”对话框中删除了“显示结构”按钮
- 确保在当前窗口中打开最近关闭的选项卡，而不是在单独的窗口中打开，即使选中了“默认情况下在单独的窗口中打开文件”首选项
- 修复了以下问题：如果只有一个选项可用，则在接受 out 调整悬垂对话框时，Golden Gate Cloning 对话框可能会更改
- 如果直接消化载体，请确保在组装的产品中恢复载体的数值原点
- 改进了使用多个选项卡时的性能
- 修复了通过将文件拖放到选定文件夹中将文件导入项目的问题
- 确保在插入限制性片段时将矢量特征转移到产品上
- 修复了可能阻止模拟插入限制片段的问题
- 优化了在导入非本机文件时创建新文件、添加公共特征和优化特征颜色时检测序列拓扑的性能
- 实施了用于搜索和索引序列的新算法，取代了MICA算法，并针对核心分子生物学用例优化了其性能
- 减小了新创建和编辑的文件的文件大小
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