SnapGene 7.1.0
2023年11月28日
SnapGene 7.1.0 于 2023 年 11 月 28 日发布。
概述
SnapGene 7.1 提供了简化所选文件夹中文件搜索的增强功能，引入了 ssDNA 序列（包括引物）的二级结构可视化，并包括各种修复程序以提高稳定性、文件导入工作流程和其他功能。
文件搜索增强功能
快速轻松地构建搜索查询查找序列和其他文件在选定的项目文件夹中，使用简化的筛选器输入控件，并在不同的选项卡中运行多个搜索。
单链DNA序列的二级结构视图
可视化二级结构用于通过新的二级结构选项卡使用 ViennaRNA 包计算的单链 DNA 序列
此  查看引物发夹和二级结构
使用用于计算的新按钮检查引物中的发夹或其他自粘性二级结构引物单体的二级结构，可在"引物"选项卡中找到。
功能和增强功能包括
- 增强的文件搜索输入过滤器，可简化构建搜索查询
- 搜索词的简单输入字段会自动添加搜索键
- 日期和文件类型字段提供了一个下拉菜单，便于快速选择
- 在结果选项卡中调整查询时，会自动进行搜索
- 文件搜索结果增强功能
- 搜索结果现在显示在新选项卡中，允许您重新访问以前的搜索结果
- 增强了搜索结果中活动搜索过滤器的可见性和排列方式
- 添加了单链 DNA 序列的二级结构选项卡。二级结构是使用 ViennaRNA 包计算的
- 在引物视图中添加了“显示结构”按钮，允许您查看引物二级结构
- 使用 ViennaRNA 包计算的结构
- 在预测二级结构时，引物结合位点熔解温度用作默认温度
- 添加了新的首选项，用于指定是否将缺少 FASTA 注释行（第一个序列之前以“>”开头的行）的文件识别并导入为 FASTA 序列文件或文本
- 现在，在查看“入门”空间时，可以使用 ?+W （macOS） / Ctrl+W （Windows/Linux） 键盘快捷键关闭窗口
- 恢复了“入门”、“克隆”教程和“用户指南”部分的展开/折叠状态。
其他更改和修复
- 调整了导入和导出到GenBank时对KEYWORDS的处理
- 导入GenBank文件时，KEYWORDS不再用作自定义地图标签
- 自定义地图标注现在使用注释导出
- 导入多序列GenBank文件时，对齐对话框不再使用自定义地图标签作为序列名称
- 调整了将区段导出到GenBank的功能
- 现在，使用join（...）限定符在GenBank文件中导出非间隙特征段，包括重叠段和紧邻段
- 修复了在导出到GenBank和从GenBank重新导入时，具有核糖体滑移的特征（重叠片段）的转换会发生变化的问题
- 将 /ribosomal_slippage 限定符添加到具有重叠句段的任何已翻译要素
- 将“关闭所有标签页”和“关闭已保存的标签页”选项移至标签页操作菜单的顶部，以确保它们易于访问
- 默认情况下，调整首选措辞以将文件作为独立窗口打开
- 改进了“收藏夹”左侧面板中文件夹使用的颜色，使所选文件夹名称更易于阅读
- 在“文件”菜单中添加了“关闭所有选项卡”选项
- 将“文件”菜单中的“全部关闭”选项重命名为“关闭所有窗口”
- 根据需要将“文件”菜单中的“关闭”选项重命名为“关闭窗口”或“关闭选项卡”
- 更新了 SnapGene Academy 的链接
- 修改了搜索滤波器芯片外观，提高了对比度
- 改进了在未提供特征颜色信息的情况下，按特征类型使用默认颜色打开GenBank文件时的性能。
- 改进了在克隆和 PCR 对话框中输入引物名称或选择引物时的处理方式
- 修复了 Windows 上的“查找酶/功能/引物”快捷键 （Ctrl+Shift+F）
- 修复了与参考 DNA 序列比对的问题，即低质量读长导致其他读长不正确比对
- 修复了一个错误，该错误导致在与参考 DNA 序列对齐时修剪时从序列读数中删除额外的碱基
- 修复了 SwissProt 导入程序以正确读取蛋白质序列名称的问题
- 从多序列存档文件导入时正确保留对齐的序列名称
- 修复了在某些圆形序列上显示 GC 颜色的问题
- 阻止在“新建文件”窗格中更改序列名称时自动重新选中“传输功能”复选框
- 修复了当序列具有未保存的甲基化更改时将序列转换为环形/线性的问题
- 修复了一个 bug，该 bug 导致某些文件使用文本查看器打开而不是导入
- 修复了打开“打开此集合.clxn”文件时集合在内容窗口中打开的错误
- 导入包含多个序列的文件时，创建并打开新项目而不是集合
- 修复了在使用网关克隆对话框时导致显示无意义警告的各种问题
- 修复了在 Linux 上搜索包含某些非序列文件类型的项目时的各种问题
- 修复了转换为双链的序列在编辑时会恢复为单链的错误，反之亦然
- 修复了替换文档时非粘性选项卡未标记为“已修改”的 bug
- 删除了在非粘性选项卡中查看文件时更新旧文档的提示
- 修复了阻止卸载 Windows 上未被 SnapGene 使用的外部卷的问题
- 改进了压缩超过 2 GB 数据时的稳定性和性能
- 修复了使用具有多个打开选项卡的“关闭所有窗口”时可能发生的崩溃问题
- 改进了稳定性和性能，并解决了各种内存泄漏问题
- 添加了可选的匿名使用情况报告，以支持持续的开发和用户研究。请注意，个人信息和您处理的数据内容不会共享。
- 如果选中了设置，请确保在新窗口中打开新创建的序列
- 改进
了在“搜索提示”对话框中执行蛋白质搜索时如何处理终止密码子的解释
- 修复了“添加引物”对话框有时认为未指定模板的问题
- 确保正确识别 Windows 版本
- 修复了阻止撤消移除 5' 悬垂的问题
- 修复了在编辑 DNA 末端后关闭与参考的比对的问题
- 修复了打开跟踪文件时可能发生的崩溃问题
- 防止在线性化 ssDNA 后显示下游末端磷酸盐
- 简化了 Dock （macOS） 和快速启动 （Windows） 菜单
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